Les écosystèmes de montagnes s’étendent depuis la dorsale du Kivu et de la chaine des monts Mitumba aux chaines des Virunga et au Mont Ruwenzori dans l’est du pays. A l’ouest du pays, il y a le Mont Crystal qui traverse le Mayumbe. Cet ensemble afro-montagnard couvre plus ou moins 4,5% du territoire national. Sa végétation varie suivant que l’altitude croît. Les essences typiques de la partie basse (1700 m à 2200 m) de la forêt afro-montagnarde sont Albizia gummifera, Carapa grandiflora, Celtis sp, Clausena 
anisata, Fagara mildbraedii, Millettia dura, Newtonia buchananii, Parinari holstii, Prunus africana et Sapium ellipticum. Entre 2200 m à 2600 m d’altitude, on retrouve la forêt de haute montagne à Podocarpus milanjianus, Afrocrania volkensii, Ilex mitis, Myrica salicifolia, Prunus africana, Schefflera goetzenii et Syzygium parvifolium. On trouve des peuplements quasi purs et denses de bambous 
(Sinarundinaria alpina) entre 2400 m et 2600 m d’altitude sur le Mont Kahuzi, là où un certain caractère de sécheresse se manifeste. Entre 2600 m et 3000 m au-dessus de l’horizon à bambous, on rencontre des peuplements à Hagenia abyssinica, parfois associés à Hypericum revolutum. Sur les hauts sommets, on trouve, en alternance, selon les conditions du milieu, une végétation herbacée ou ligneuse à Dendrosenecio sp., Helichrysum sp., Lobelia sp., Poaceae, et Vaccinium sp. De 2800 m à 3200 m, les formations à Ericaceae s’enrichissent en Lobélies et Séneçons. De 3200 m à 3310 m, le sommet du Mont Kahuzi est couvert de formations afro-alpines, faites d’un mélange de végétation herbacée et arborée de diverses Ericaceae, Alchemilla kivuensis, Dendrosenecio johnstonii, Helichrysum formosissimum, Helichrysum mildbraedii, Huperzia saururus, Lobelia stuhlmanii, Lycopodium clavatum et Senecio 
sabinjoensis. L’éléphant, le gorille de basse altitude ou de montagne, le chimpanzé commun, beaucoup d’espèces de singes, antilopes de forêts, etc. sont fréquents dans les forêts afro-montagnardes. Le taux d’endémicité est très élevé dans ce facies.