Les écosystèmes aquatiques comprennent le fleuve Congo et ses affluents, les lacs, les rivières, les glaciers sur les hautes montagnes de l’est et les biefs maritimes. La RDC compte trois sites Ramsar, dont le plus grand site Ramsar au monde formé par les zones humides de Ngiri et du lac/bassin Maï-Ndombe.  Le plan d’eau intérieur occupe environ 3.5 % de l’étendue du territoire national (soit environ 86 080 km²) et son potentiel représente plus de 50% d’eau douce du continent (Figure 50). En plus de constituer une source immense d’eau de boisson, il abrite une faune ichtyologique riche et variée, des reptiles, des mammifères aquatiques fortement menacés et de fortes concentrations de poissons et d’oiseaux, y compris les oiseaux migrateurs. Il constitue aussi un medium pour la navigation intérieure et possède dans nombreux de ses biefs non navigables des rapides pittoresques, une source potentielle d’énergie hydro-électrique et d’écotourisme. La jacinthe d’eau (Eichornia crassipes) prolifère dans le fleuve Congo sur plus de 1000 km et est devenu un inconvénient important pour la navigation sur certaines parties du fleuve Congo.